Gli anni che vanno dal 1470 al 1493 sono caratterizzati da una differenza di vedute tra san Francesco e la Sede apostolica. Il Paolano vuole l'approvazione di una Regola tutta propria perchè era consapevole che la sua proposta di vita evangelica era nuova rispetto alla altre già esistenti nella Chiesa e perciò non poteva essere espressa con nessuna delle Regole già esistenti.

La sede Apostolica, invece, vuole che egli prenda una di tali Regole già approvate, magari integrate con norme proprie, per non venir meno al Concilio Lateranense IV, che proibiva l'approvazione di nuove Regole per non creare confusione. Nella trattativa esercita un ruolo determinante il re di Francia, la posta in gioco, implicita anche se non emergente, era proprio se il movimento di Francesco poteva avere i caratteri di novità, tale da meritare l'eccezione alle prescrizioni conciliari.

Il problema è superato da Alessandro VI che dichiara esplicitamente che la Regola che approva non creerà confusione nella Chiesa, ma darà invece una luce nuova.

La storia della redazione della Regola propria dell'Ordine dei Minimi, originale rispetto alle altre già esistenti tra gli ordini religiosi, si salda con la storia dell'evoluzione del carisma penitenziale di san Francesco di Paola.